Manastir je najverovatnije osnovan u 10. veku.U 11. je njegova kula koriscena kao kula-strazara za stanovnike Kareje.Postoje mnoge legende o osnivacu manastira. Po jednoj od njih, u ranije vreme je tu postojao manastir Haritona a po drugoj , Stavros i Nikitas su osnovali svoje celije tu i to je razlog zasto se zove Stavronikita. 1533. godine je prodat kao celija manastiru Filotej-igumanu Gregoriju za 4000 aspri (veoma malo vredan novac). Pod brigom mladog igumana i na pocetku patrijarha Jeremije (1537-1545) kasnije je manastir obnovljen i preimenovan u Sveti Nikola.
1607. i 1879 vatra je unistila deo manastira ali je obnovljen uz pomoc monaha ovog ali i ostalih manastira.Velike obaveze ovog manastira nisu do 1960 dozvoljavale nikakva prosirenja, ali su 1968 monasi konacno isplatili dug.
Glavni hram ima izvrsne zidne ikone iz 1546 i one su uradjene u slavu Svetog Nikole.Njih je uraio slavni kritski umetnik Teofan i njegov sin Simeon.Biblioteka sadrzi 58 rukom pisanih dokumenata na pergamentu (11-14. vek),dva na svili,109 od papira (14-19 vek) i hiljade stampanih.Pored oltarskih ikona primecujemo izvrsnu ikonu Poslednje Vecere.
U njegovom blagu je kolekcija izvrsnih minijaturnih ikona ,krstova, mostiju svetaca,liturgijskih objekata i mozaicna ikona Svetog Nikole koja datira iz 14. veka. Po legendi, ova ikona je pronadjena na dnu mora od nekih ribara blizu manastira i predata je manastiru. Na sebi je imala ogromnu skoljku (Strede na grckom) na svecevom celu i zato se zove Sveti Nikola Stredski.
