Pencil alat je jednostavan pixel editor, što znači da je u stanju samo da promeni boju obuhvaćenih piksela. Dodeljen je tasteru Y.
Držanje modifikatora Shift olakšava crtanje uspravnih ili vodoravnih linija. Takođe klik mišem uz pritisnut Shift spaja tekuću poziciju kursora sa poslednjom tačkom nacrtanom Pencil-om.
Alt privremeno aktivira Eyedropper (pipetu), a Control Move.
Nema.
Uključivanjem Fade opcije dobija se efekat nestajanja boje. Da bi ovaj efekat radio neophodno je uneti broj koraka (pixel-a) koji je potrebno prevući Pencil-om da bi boja potpuno nestala. Takodje je moguće podesiti da li će boja stvarno nestajati ili će se pretvarati u boju koja je trenutno izabrana kao boja pozadine.
Pomoću Opacity se može podesiti pokrovnost boje (suprotno od providnosti). što je veća vrednost to će boja bolje pokrivati već nacrtane delove slike.
Opcija Auto Erase daje olovku koja postaje Eraser ukoliko se upotrebi na površini koja je već obojena foreground bojom. Slično opciji toggle u nekim drugim programima slične namene.
Ukoliko je na računar priključena tabla za crtanje osetljiva na pritisak i instaliran odgovarajući drajver omogućava se podešavanje koje će se opcije moći kontrolisati sa table. Na primer: što je jači pritisak na tablu biće veći otisak (proizvedena linija će biti deblja).
Painting mode, tj. način nanošenja boje preko delova slike koji su već obojeni je jedna od opcija koja se javlja na svim alatima za crtanje.